●  解淀粉芽孢桿菌：分泌抗菌物質，產生拮抗作用，營養與空間的競爭，誘導作物產生抗性，促進植物生長，是菌肥中主要生防功能菌。

●  枯草芽孢桿菌：增加作物抗逆性、固氮。

●  地衣芽孢桿菌：抗病、殺滅有害菌。

● 巨大芽孢桿菌：解磷解鉀，提高植物對磷鉀的吸收利用，促進肥效。

● 膠凍樣芽孢桿菌：解鉀，釋放出可溶磷、鉀元素及鈣、硫、鎂等中微量元素。

● 膠質芽孢桿菌：有溶磷、釋鉀和固氮功能，分泌多種酶，增強作物對一些病害的抵抗力。

● 涇陽鏈霉菌：具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力。

● 棕色固氮菌：固定空氣中的游離氮，增產。

● 圓褐固氮菌：固氮、提高作物產量。

● 放線菌：拮抗病原菌防病壯菌的作用，分泌細胞分裂素促進作物的生長。

● 光合菌群：合成糖類、氨基酸類、維生素類、氮素化合物、抗病毒物質和生理活性物質等，是肥沃土壤和促進動植物生長的主力部隊。

● 乳酸菌群：具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動，能夠分解在常態下不易分解的木質素和纖維素，并使有機物發酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產生的致病菌繁殖。