團粒結構的形成能使土壤變得疏松、綿軟，保水保肥性能增強，水、氣、熱更加協調，減少土壤板結，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發展，為農作物提供舒適的生長環境。

另外，菌肥中的菌賴以生存的條件是有機質。土壤中有足夠的有機物或腐殖質時才能被微生物菌利用，進而使土壤微生物快速繁衍，激活營養元素。微生物菌在土壤中作用主要是產生各種酶，分解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機質才行。所以我們提倡有機肥和和菌肥搭配使用！

再有，不同菌種在土壤中將起到不同作用，供您參考 

枯草芽孢桿菌：可增加作物抗逆性、固氮。 

巨大芽孢桿菌：能釋放出可溶磷、鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。 

地衣芽孢桿菌：能抗病、殺滅有害菌。 

蘇云金芽孢桿菌：能殺蟲(包括根結線蟲)，對鱗翅目等節肢動物有特異性的毒殺活性。 

膠質芽孢桿菌：具有溶磷、釋鉀和固氮功能，能分泌多種酶，增強作物對一些病害的抵抗力。 

涇陽鏈霉菌：具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力。 

菌根真菌：能擴大根系吸收面，增加對原根毛吸收范圍外的元素(特別是磷)的吸收能力。 

光合菌群：是肥沃土壤和促進動植物生長的主力部隊。 

凝結芽孢桿菌：可降低環境中的氨氣、硫化氫等有害氣體，提高果實中氨基酸的含量。 

米曲霉菌：能使秸稈中的有機質成為植物生長所需的營養，提高土壤有機質含量，改善土壤結構。 

淡紫擬青霉菌：對多種線蟲都有防治效能，是防治根結線蟲最有前途的生防制劑。 

土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而最大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，最終達到增產增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的作用。

首先是根的趨水趨肥性，使根系有一種內在的向外向下伸長的刺激，缺了有機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向根部“表達”能力差，致使根系生長的內在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互動，是根系生長的外源刺激。

土壤板結的主要原因是有機質的缺失，而不是由于使用化肥。這并不是說化肥對土壤板結沒影響。有機質缺失，化肥對土壤板結影響的烈度就更加凸顯。而有機質豐富，化肥被利用率大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化為水溶有機化合物， 以及豐富的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續耕作。

所以歸根結底，化肥“使土壤板結”的負面作用并不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機肥料的結果。

土壤中有機質不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。

土壤板結和藥害（土壤中農藥殘留嚴重）造成農作物多種病害。如果土壤中有機質豐富，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。