微生物肥料的種類很多，按其作用機理分為根瘤菌肥料，固氮菌肥料，磷細菌肥料，硅酸鹽細菌肥料。

（一） 根瘤菌肥料根瘤菌肥料是指用于豆科作物接種，使豆科作物結瘤。固氮的接種劑。當豆科植物種子萌發時，根系分泌的一些物質對根瘤菌有強烈的刺激作用。根瘤菌大量繁殖，聚集在根的周圍，形成根瘤。根瘤菌的寄主則不停地把根瘤固定的氮素轉化，運輸供自身利用。 

1、使用方法：

根瘤菌肥多用于拌種，即在豆科作物種植之前將根瘤菌肥料拌在種子上經促進共生固氮，達到增產的目的。根瘤菌與鉬肥結合使用效果更好。使用時，每667m2用5—10g鉬酸鋁直接拌種或與根瘤菌有肥合用。  

 2、注意事項

（1）根瘤菌是喜溫好氣型的微生物，適宜于中性至微堿性的土壤條件，應用于酸性土壤時，要加石灰調節土壤酸度。 

（2）避免與速效氮肥和殺菌劑同時使用，如種子消毒，應在拌種前2—3周拌藥，使菌與藥有較長時間的間隔，以免影響根瘤活性。 

（二）固氮菌肥料固氮菌肥料是以能夠自由生活的固氮的微生物肥料為菌種生產出來的固氮菌肥料。

  1、使用方法：

固氮菌適用于各種作物，特別是禾本科作物和蔬菜中的葉菜類作物，可作基肥，追肥和種肥。與有機肥，磷肥、鉀肥及微量元素，肥料配合施用，對固氮菌的活性有促進作用。 

（1）基施：與有機肥配合溝施或穴施，施后立即覆土。   

（2）追施：把菌肥用水調式糊狀，施于作物根部，施后覆土。 

（3）拌種：在菌肥中加適量的水混勻，倒入種子混拌，撈出陰干即可播種。 

 2、注意事項

（1）多適用于禾本科作物及蔬菜中葉菜類作物。  

（2）避免與速效氮聯合應用。 

（3）對土壤酸性反應很敏感，適宜的PH值為7.4—7.6。 

（4）當土壤濕度為田間最大持水量的25%—40%時，固氮菌開始生育，至60%時生育最旺盛。 

（5）固氮菌屬于中溫性細菌，一般在25—30℃的條件下生長最好。   

（三）磷細菌肥料磷細菌肥料是能把土壤中難溶性的磷轉化為作物能利用的有效磷素營養，又能分泌激素刺激作物生長的活體微生物制品。  

1、使用方法：

磷細菌肥料可以作基肥，追肥和種肥，具體施用量以產品說明為準。 

（1）基肥：可與農家肥料混合均勻后溝施或穴施，施后立即覆土。   

（2）追肥：將肥液于作物開花前期追施于作物根部。 

（3）拌種：在磷細菌肥料內加入適量清水調成糊狀，加入種子混拌后，將種子撈出待其陰干即可播種。 

 2、注意事項

（1）磷細菌肥料應用于缺磷但有機質豐富的土壤效果較佳。   

（2）不同類型的解磷菌種互不拮抗，可復合使用。   

（3）磷細菌肥料不能和農藥及生理酸性肥料同時施用。 

（4）磷細菌的適宜溫度為30—37℃，適宜的PH值為7.0—7.5。   

（四）硅酸鹽細菌肥料硅酸鹽細菌肥料是指在土壤中通過硅酸鹽細菌的生命活動，增加植物營養元素的供應量，刺激作物生長，抑制有害微生物活動，對作物有一定的增產效果的微生物制品。 

  1、使用方法：

硅酸鹽細菌肥料可以作基肥，追肥和拌種或蘸根用。   

（1）基肥：每667m2溝施或條施3—4kg，硅酸鹽細菌肥料，施后覆土。若與農家肥混合施用效果更好。 

（2）拌種：在硅酸鹽細菌肥料內加入適量的清水制成懸濁液，噴在種子上拌勻，稍干后立即播種。 

（3）蘸根：將硅酸鹽細菌肥料與清水按1：5的比例混勻，待溶液澄清后，將水稻、蔬菜等作物的根部蘸取清液，隨蘸隨用，避免陽光直射。 

  2、注意事項

（1）不能與過酸、過堿的肥料混合施用。以免發生抑制作用。 

（2）當土壤中速效鉀含量在26mg/kg以下時，不利于耐酸鹽細菌的生長與解鉀功能的發揮。 

（3）當PH值小于6時，硅酸鹽細菌的活性會受到抑制。因此，在施用前施用生石灰調節土壤酸度。