土壤有機質泛指土壤中以各種形式存在的含碳有機化合物，指土壤中來源于生命的物質，是土壤中除土壤礦物質以外的物質，它是土壤中最活躍的部分，是土壤肥力的基礎，是衡量土壤肥力的重要指標之一。

有機質是土壤養分的主要來源，含有作物生長所需的各種養分，可以直接或間接地為作物生長提供氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫和各種微量元素。

有機質能促進土壤結構形成，改善土壤物理性質，改良土壤結構。有機質中的腐殖質是土壤團聚體的主要膠結劑，土壤有機膠體是形成水穩性團粒結構不可缺少的膠結物質，所以有助于黏性土形成良好的結構，從而改變土壤孔隙狀況和水、氣比例，創造適宜的土壤松緊度。

有機質能提高土壤的保肥能力和緩沖性能。土壤有機質中的有機膠體，帶有大量負電荷，具有強大的吸附能力，能吸附大量的陽離子和水分，其陽離子交換量和吸水率比黏粒要大幾倍、甚至幾十倍，所以它能提高土壤保肥蓄水的能力，同時也能提高土壤對酸堿的緩沖性。

此外，有機質還具有促進作物的生長發育、促進土壤微生物的活動、提高土壤溫度、提高土壤養分性等作用。

土壤微生物作為土壤的活躍組成分,通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結構，最終形成真正意義上的土壤。它是土壤生物肥力的核心，對農作物生長更是起著至關重要的作用。

土壤微生物（菌肥）的主要功效是促進植物根系的發育。生物菌肥含有多種功能性微生物他們進入土壤后，在生長繁殖過程中會產生大量的次生代謝產物，這些產物能夠促進土壤團粒結構的形成，從而使土壤變得疏松、綿軟，保水保肥性能增強，水、氣、熱更加協調，減少土壤板結，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發展，為農作物提供舒適的生長環境。

土壤微生物還有固氮作用。氮氣占空氣組成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉化為植物能夠利用的固定態氮化物，有了這樣的土壤微生物，就相當于土壤有了自己的氮肥生產車間了。

土壤微生物還可以調節植物生長。與植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能為植物直接提供氮素、磷素和其他礦質元素的營養以及有機酸、氨基酸、維生素、生長素等各種有機營養，促進植物的生長。

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