0到1的突破!国产固相育种芯片 “华麦芯65K”重磅发布!
近日,北京市農(nóng)林科學(xué)院雜交小麥研究所北京小麥種子檢測中心聯(lián)合蘇州拉索生物芯片科技有限公司、中國農(nóng)業(yè)大學(xué)、西北農(nóng)林科技大學(xué)等單位成功研發(fā)具備完全自主知識產(chǎn)權(quán)(涵蓋SNP標(biāo)記、芯片、試劑及掃描儀)的高密度固相小麥育種芯片——“華麥芯”普通小麥基因分型65K芯片(簡稱“華麥芯65K”)。這一突破性成果對提升我國小麥品種創(chuàng)新、知識產(chǎn)權(quán)保護和種子質(zhì)量控制具有重要意義。
小麥(Triticum aestivum L.)是世界上重要的糧食作物。我國是全球小麥生產(chǎn)和消費第一大國,在人口不斷增長、農(nóng)業(yè)可利用資源短缺、糧食生產(chǎn)成本逐年提升等實際國情下,提升小麥單產(chǎn)是保障國家糧食安全的根本途徑。
以雜交育種為代表的常規(guī)育種在我國糧食作物遺傳改良中發(fā)揮了重要作用,但目前,以標(biāo)記輔助選擇、全基因組背景選擇等為代表的分子育種技術(shù)優(yōu)勢尚未得以充分發(fā)揮。其中,簡易、高通量、低成本標(biāo)記檢測技術(shù)和產(chǎn)品的缺失是限制分子育種開展的重要因素之一。過去二十年,高密度固相基因芯片技術(shù)由illumina、affymetrix等國外企業(yè)壟斷,其高昂開發(fā)和檢測成本限制該技術(shù)在我國大規(guī)模應(yīng)用。因此,突破國外技術(shù)“卡脖子”,研發(fā)具有自主知識產(chǎn)權(quán)的高密度、高通量、低成本、可定制的固相基因芯片對推動分子育種的快速發(fā)展至關(guān)重要。同時,對于我國實質(zhì)派生品種制度的落地,提升我國小麥品種創(chuàng)新、知識產(chǎn)權(quán)保護和種子質(zhì)量監(jiān)控水平具有重要意義。
SNP位點來源及染色體分布
以中國春2.1版本為參考,目前包含54993個精選的SNP標(biāo)記(可根據(jù)未來研究重要結(jié)果擴充至65K),覆蓋196個性狀相關(guān)的標(biāo)記。SNP位點在A、B、D染色體上分布較均衡,多態(tài)性位點占比高達(dá)99.1%,具備良好的區(qū)分能力和穩(wěn)定性;單個SNP位點采用15-30個微球重復(fù)檢測,平均檢出率高達(dá)99.0%,再現(xiàn)性高達(dá)99.5%。
突出優(yōu)勢
從芯片制備到掃描儀、試劑、配套軟件及算法在內(nèi)的一體化解決方案均可自主實現(xiàn)。截至目前,蘇州拉索生物芯片科技有限公司已獲得13項發(fā)明專利授權(quán)、2項實用新型專利授權(quán)、1張醫(yī)療器械注冊證,是我國法律體系下,在高密度固相基因芯片研發(fā)和生產(chǎn)領(lǐng)域知識產(chǎn)權(quán)布局最完善的公司。
主要供應(yīng)商立足本土,不受國際環(huán)境波動影響,確保產(chǎn)品穩(wěn)定供應(yīng)。
專業(yè)的本土技術(shù)支持團隊提供全程高效服務(wù),確保用戶無憂使用。
可根據(jù)需要在原有芯片基礎(chǔ)上隨時添加新的檢測位點,無需重新定制新的芯片,靈活性高、可塑性強。
該芯片集背景篩選、品種鑒定、轉(zhuǎn)基因檢測等多用途于一體,可實現(xiàn)一站式全面篩查,大幅提高檢測效率,并節(jié)約成本。
固相基因芯片在規(guī)模化檢測時展現(xiàn)出顯著的成本效益。隨著樣本數(shù)量增加,單個樣本的檢測成本呈下降趨勢,經(jīng)濟效益明顯。
固相基因芯片以固態(tài)基底上的寡核苷酸探針為基礎(chǔ),無需依賴測序或其他基因分型技術(shù),即可一次性并行檢測數(shù)十萬至數(shù)百萬個SNP位點,從檢測到數(shù)據(jù)分析,整個過程僅需72小時,且準(zhǔn)確率保持在99%以上。
僅需24個樣本即可完成檢測,無需湊樣。
應(yīng)用場景
小麥品種真實性/特異性/一致性輔助檢測
實質(zhì)派生品種診斷
轉(zhuǎn)基因檢測
遺傳連鎖圖譜構(gòu)建與QTL定位
全基因組選擇育種 標(biāo)記輔助選擇育種等
數(shù)據(jù)表現(xiàn)
圖1 華麥芯65K SNP位點染色體分布圖
*本產(chǎn)品SNP位點豐富,完整覆蓋普通小麥的21條染色體
圖2 華麥芯65K SNP位點最小等位基因頻率(MAF)分布情況
圖3 使用華麥芯65K 檢測187份審定品種小麥標(biāo)準(zhǔn)樣品構(gòu)建的SNP指紋聚類圖
圖4 華麥芯65K檢測測試樣本的檢出率
*測試樣本平均檢出率為99.13%
圖5 華麥芯65K檢測測試樣本的復(fù)現(xiàn)性
*測試樣本平均復(fù)現(xiàn)性為99.34%
圖6 華麥芯65K單個SNP位點在品種鑒定應(yīng)用中的聚類分型圖