1.培肥地力，這是微生物肥料的主要功效之一。如各種自生、共生的固氮微生物，可以增加土壤中的氮素來源；多種解磷、解鉀微生物的應用，可以將士壤中難溶的磷、鉀分解出來，從而能為作物吸收利用。微生物菌肥施入土壤后，能快速繁殖并能形成活力強大的益生菌群，從根本上改善了土壤及根系周邊的生態結構，使得多年使用化肥板結的土壤疏松透氣，吸收空氣中的氮并形成“生態氮肥” ，將多年沉積于土壤中的無效死磷死鉀激活，讓植物根系吸收。

　　2.增強抗逆性。微生物肥料除了傳統肥料的增產增收效果外，還可以減輕作物病害。這主要有以下三個方面的原因： 

　　一是肥料中的有益微生物生長繁殖，在作物根際土壤微生態系統內形成優勢種群，抑制其他有害微生物的生長繁殖，甚至對部分有害病原菌產生拮抗作用，減少了有害微生物的危害機會。

　　二是有益微生物在生長繁殖過程中向作物根際土壤微生態系統內分泌各種代謝產物，這些代謝產物能夠刺激作物生長，提高作物抵抗不良環境的能力。 

　　三是在植物受到病害、凍害、干旱、衰老等逆境時，施用微生物肥料其所含的菌種能誘導作物產生超氧化物歧化酶，消除因逆境而產生的自由基，從而提高作物的抗逆性，減輕病害。
　　3.提高品質早熟高產。微生物肥料能激發土壤中固定的鉀、鈣、鋅等中微量營養元素。這些元素能供給作物微生物菌肥能產生植物激素類物質刺激作物生長。許多用作微生物肥料的微生物還可產生植物激素類物質，能刺激和調節作物生長，使植物生長健壯，營養狀況得到改善。一般可使經濟作物增產30%以上，大田作物增產7~10%或以上。

　　科學家通過研究發現，微生物具有把氮氣固定住的神奇功能，能把空氣中的自由態氮轉化成作物可吸收利用的有效態氮。另外，微生物中的磷、鉀細菌能分解土壤中固定的磷、鉀元素，并把它們釋放出來，供作物利用。那些繁殖飛快的有效菌還能刺激作物的生長，起到防病作用。于是，科學家選育出能夠人工培養的有益微生物，通過工業發酵生產出微生物活體制品,可以直接用于農業生產。微生物肥料就是以微生物生命活動導致農作物得到特定的肥料效應，達到促進作物生長或產量增加或質量提高的一類制品。