地球環(huán)境中常見的微生物的種類種群復(fù)雜繁多，從形態(tài)特征上來(lái)區(qū)分，常見的微生物有細(xì)菌、真菌、放線菌、原生動(dòng)物以及病毒、吞噬體。

土壤中主要體現(xiàn)菌體為：細(xì)菌、真菌、放線菌的影響,其中細(xì)菌的含量是最為龐大的，其繁殖速度也是最快的，細(xì)菌參與了土壤中絕大部分的含氧和厭氧生理生化反應(yīng)，在這些反應(yīng)中新軍使有機(jī)物質(zhì)快速分解為無(wú)機(jī)物，供植物生長(zhǎng)以及改善土壤環(huán)境，因此細(xì)菌在土壤生態(tài)系統(tǒng)中具有極其重要的作用。

真菌是土壤中第二大類群體，主要包含酵母菌、霉菌等，是腐殖酸形成過(guò)程中重要微生物，真菌通過(guò)對(duì)死亡生物物質(zhì)的降解，如將木質(zhì)素降解產(chǎn)生腐殖酸，在酸性土壤中或是透氣良好的土壤中真菌產(chǎn)生的有機(jī)物的量要比細(xì)菌產(chǎn)生的量多。

放線菌是土壤中第三大類微生物，其生長(zhǎng)速度較慢，能分泌大量用于降解難以分解化合物的酶，如纖維素酶。另外，放線菌所形成的抗生素可以對(duì)細(xì)菌和真菌產(chǎn)生也有一定的抑制作用，對(duì)土壤內(nèi)微生物的種類和多度變化有重要意義。

微生物的繁殖速度較快，在土壤中微生物的數(shù)量和種類非常的豐富，1kg土壤中可能含 5000億個(gè)細(xì)菌、約100億個(gè)放線菌、近10 億個(gè)真菌、土居原生動(dòng)物可達(dá)5億個(gè)。

生物有機(jī)肥施入土壤后，其養(yǎng)分可以被植物所吸收，有益微生物會(huì)在土壤中大量繁殖，對(duì)土壤中的有害微生物起拮抗和抑制作用，對(duì)植物的生長(zhǎng)和發(fā)育起有益作用。土壤中的細(xì)菌、放線菌、真菌是土壤中微生物的非常重要的組成成分，土壤微生物的組成與多度，對(duì)土壤中營(yíng)養(yǎng)成分的轉(zhuǎn)化和吸收以及對(duì)土壤微生物生態(tài)平衡有很大的影響，土壤微生物群落結(jié)構(gòu)是反應(yīng)土壤環(huán)境質(zhì)量最為重要的生物學(xué)指標(biāo)。

生物有機(jī)肥施入土壤后，土壤中微生物含量以及多樣性都有顯著提高，且隨著生物有機(jī)肥的施加量的增加而增長(zhǎng)。有實(shí)驗(yàn)現(xiàn)實(shí)，生物有機(jī)肥投量對(duì)比其細(xì)菌、真菌、放線菌含量都得到大量提升，其中放線細(xì)菌提升較多；施加普通化肥與不施加任何化肥的土壤的對(duì)比其細(xì)菌、真菌、放線菌含量，細(xì)菌和防線菌都有所下降，而真菌提成較多。生物有機(jī)肥為土壤提供了大量的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，為微生物的生存及生長(zhǎng)提供有力條件，土壤中會(huì)大量繁殖生長(zhǎng)微生物從而影響農(nóng)作物的生長(zhǎng)發(fā)育。