有機質包括一切有機物質，在進入土壤后成為土壤有機質。植物秸稈、樹枝落葉、草系列、動物殘體、人畜糞尿、城市垃圾的有機部分為初級形態，經微生物充分分解后被植物吸收和穩定在土壤里的腐殖質是它的高級形態。它的功能是：滋養微生物、土壤動物，激發土壤活性。附著在土壤有機質上面的微生物是土壤生態系統中萬能的小生靈，是生物養分的提供者和生命的維護者。土壤有機質同微生物相伴而生，互為存在的條件。微生物是有機質的生命，有機質是微生物的食物。微生物的存量隨著有機質量的增長而增長。二者是一個不可分割的整體，在談到有機質時包括微生物，在談到微生物時包括有機質。微生物從土壤分離出來相對獨立發揮作用時，也是以有機質為載體。土壤中的蚯蚓等動物是以有機質為載體、為食物，直接改變其生存環境。有機質還能增強土壤酶的活性，其中的腐殖酸是能促進植物、微生物生長發育的活性物質。

提供植物需要的養分。植物所需養分的大部分來源于土壤有機質，土壤中的一切有機養分都要通過微生物分解轉化才能被作物吸收。同時微生物還能礦化土壤本身含有的礦物質供植物利用。

改善土壤的物理性狀。土壤有機質不僅能給植物提供養分，而且還能創造植物吸收養分的能力。植物吸收養分需要氧氣、水分、溫度、適宜的酸堿度等。適量的土壤有機質能使不同類型的土壤形成團粒結構。使粘土塊分解成小團粒、使細沙土凝結成小顆粒，使土壤容重變輕，質地松軟、充滿孔隙。一方面可以提高土壤的蓄水保水性能，據測算土壤有機質從1%到3%含水量增加六倍，相當于建了一座地下水庫，即大幅度減少了水土的流失，又能穩定地為植物提供所需水分，增強了抗旱性能。另一方面使土壤具有良好的通氣性，充分滿足植物生長所需氧氣。有機質黑色的吸光作用能有效提高地溫。

平衡土壤酸堿度。有機質具有平衡土壤酸堿度的功能，使強堿性土壤降低堿性，使強酸性土壤降低酸度，向中性靠近。過酸過堿的土壤都會破壞大部分有益微生物的生存環境，使有益微生物大量減少，從而影響養分的分解能力，造成作物營養缺失。特別是酸性土壤，會產生重金屬污染。

提高土壤的蓄肥保肥能力。土壤有機質對陽離子養分有較強的吸附性，其吸附的養分當植物需要時可以通過其他陽離子交換出來，為植物吸收。

土壤有機質在整個土壤生態系統中處于主導的位置。任何一個系統在其組成因素的相互作用下總是循環的，不是良性循環就是惡性循環。而系統各因素的作用不是平等的，總有一個因素是主導因素，決定著系統循環的方向是良性的還是惡性的。在土壤生態系統中，有機質是主導的、決定的因素。他一方面促進植物生長，一方面帶動動植物殘體及一切有機廢棄物向土壤的回歸，不斷補充著土壤有機質的存量。只要這個循環系統暢通，土壤生態系統就會始終沿著良性循環的方向發展。如果用化肥取代了土壤有機質，成為土壤系統的主導因素，土壤良性循環的生態系統就會崩潰，就會走向惡性循環。在土壤肥力中，有機質也是決定的、主導的因素。盡管土壤肥力包括不同類型土壤中所含的自然礦物養分，但沒有足夠的有機質這些養分不能夠被充分分解、活化，被植物利用。土壤有機質的含量程度決定了土壤肥力的水平。本文在提到的土壤肥力、土壤質量、肥沃的土壤（簡稱沃土）、健康土壤概念基本是一個意思，是一個問題的幾個不同側面，其本質都是由土壤有機質含量決定的。有機質高的肥沃土壤同時也是高肥力的土壤、高質量的土壤、健康的土壤。