一、微生物肥料比化學肥料更具有生態優勢 

微生物肥料與化學肥料相比，生產時所消耗的能源少得多，既降低了生產成本，又減少了由于能源消耗所帶來的環境污染。 

微生物肥料使用量少，本身無毒無害，沒有污染環境的問題，而化學等肥料的使用則造成了嚴重的土壤環境污染。另外，化學肥料中氨態氮和磷酸類物質，由于雨水的淋洗和微生物作用，許多流失進了河流湖泊中，造成河流湖泊的營養化，氮肥以溫室效應氣體N2O的形態脫氮，使大氣中N2O濃度增加，這已成為當今農業和環境的一大問題。 

微生物肥料使用改善了作物根際小生態環境。首先，它能改善由于長期施用化學肥料帶來的土壤板結，使作物根部土壤保水，其次，在作物根際形成有益菌環境，拮抗致病菌，提高作物抗病能力。

二、微生物肥料比化學肥料在提高作物品質上有優勢 

許多研究證明使用微生物肥料對于提高農產品品質，如蛋白質、糖分、維生素等的含量有一定作用。在有些情況下品質的改善比產量的提高好處更大。例如紅薯，使用KCL收干率僅為38％，而使用生物鉀肥收干率可以達到45％；在水稻上使用生物鉀肥比使用化學鉀肥出米率可提高7％。 

最近10年，我國化肥總用量增加了90.7％，而糧食總產僅增加了9.1％，氮素化肥的損失率高達45％，這就意味著經濟損失1000億元/年，并造成大量的能源損失。而微生物肥料的效率要高很多。例如：根瘤菌中固定的氮素通過長期進化行形成的氮固化系統和呼吸系統途徑幾乎全部為豆料植物吸收利用，既無利用率低下又無環境污染問題。